Прикладные программы пользователя выполняются комбинацией процессоров 68020/68881. Вся программа, выполняемая процессором, размещается в локальной памяти. Процессоры 68020/68881 имеют тактовую частоту 16 МГц, остальное оборудование процессорного узла работает на частоте 8 МГц. На КПУ возлагаются различные задачи.

Он передает и принимает сообщения из коммутатора Butterfly и использует аппаратные средства управления памятью для отображения виртуальных адресов в физические. КПУ воспринимает все обращения к памяти, выдаваемые процессором, таким образом, что для прикладных программ все ссылки к памяти кажутся одинаковыми независимо от того является ссылка локальной или удаленной. Кроме того, КПУ реализует посредством микропрограмм операции, необходимые для параллельной обработки.

К этим операциям относятся семафорные операции, операции с очередями, а также операции, реализующие механизм обработки событий и управление процессами. Эти операции гарантируют, что одновременно только один процессор может иметь доступ к данным, они также обеспечивают эффективную реализацию примитивов управления передачей данных и синхронизации. КПУ гарантирует, что эти операции происходят "неделимо, поскольку он управляет всеми локальными ссылками к памяти независимо от того, производятся ли они локальными или удаленными процессорами